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一、根。黄瓜根系主要分布于表土下25cm内，10cm内更为密集，但主根可深达60～100cm。侧根横向伸展，主要集中于半径30cm内，远者半径可达50cm。黄瓜根系木栓化比较早，断根后再生能力差。胚根生长3～6天后发生侧根，以后还可继续发生第三次的侧根。幼苗胚轴或茎上有发生不定根的能力，不定根比原根的生长还要旺盛，这和苗床盖土厚薄，蹲苗期间的“点水诱根”等措施都有关系。总之，黄瓜是浅根性蔬菜，抗旱能力较弱，所以要求土壤肥沃，浇水频繁。
二、茎。茎五棱，蔓性，中空，上有刚毛。茎的结构从横断面看，由表及里大致为厚角组织、皮层、环管纤维、筛管、维管束和髓腔。维管束又由外韧皮部、木质部和内韧皮部构成。这种茎皮薄，髓腔大，机械组织不发达，故不能自立，而易折损，但输导性能较好。蔓的长度决定于类型、品种和栽培条件。一般早熟种茎较短而侧枝少，中、晚熟种茎较长而侧枝较多。茎长者可达3m以上。茎的长短和侧枝的多少等特征和习性常是黄瓜植株调整的依据，而茎的粗细和节间的长短则是诊断植株强健与否的重要依据之一。第三片叶后，每一叶腋均产生不分枝的卷须。
三、叶。黄瓜叶面积大，上有刺毛。叶面积的大小决定于植株的生长阶段、所在部位、品种和栽培条件。一般叶的面积200～500平方厘米左右。黄瓜之所以不抗旱，不仅由于根浅，而且也和叶面积大、蒸腾系数高有密切关系。就一片叶而言，未展开时呼吸作用旺盛，光合成酶的活性弱，叶绿体不完全而净同化率低。从叶展开起，净同化率逐渐增加，直至发展到叶面积最大的壮龄时，净同化率最高，而呼吸作用则最低，所以壮龄叶是光合作用的中心叶，老叶也有一定功能。黄瓜叶薄弱，易受机械损伤。
四、花。黄瓜基本上是雌雄同株而异花，偶尔也出现两性花。按黄瓜植株上花的性别主要分为下列七种性型：
（1）完全花株
株上着生的花全部是完全花，并能自行受精结果。
（2）雌性株 株上着生的花全部是雌花。
（3）雄性株
全株的花都是雄花，没有生产价值。只有在特殊情况下才能出现。
（4）雌雄同株
株上有雌花和雄花，一般雄花数常多于雌花，这是一种标准性型。
（5）雌全同株
株上有雌花，也有完全花，本株能自行受精结果。
（6）雄全同株
株上有雄花，也有完全花，因而也能自行受精结果。
（7）雌雄全同株
株上有雌花、雄花和完全花，能自行受精结果。
黄瓜花基本上为退化型腋生单性花，花序退化为花簇，每朵花分化初期均有萼片、花冠、蜜腺、雌雄蕊、初生突起。但在形成萼片和花冠后，雌蕊退化，就形成雄花；雄蕊退化，就形成雌花；雌雄蕊都有所发育，则形成两性花。雄花常腋生多花，雌花腋生单花或多花。花冠钟状，5裂黄色。雌花子房下位，3
室，侧膜胎座，花柱短，柱头3裂。雄蕊5枚，组成三组并联成筒状。虫媒花，自然杂交率达53～76%。
黄瓜花通常于5时半至6时开放，盛花时间为1～1.5小时，花的寿命可延迟到当日午后，雄花翌日脱落，而在低温的阴雨天气下寿命较长，翌日仍能正常开花。花冠完全展开之际，即花药开药之时。而花粉则在开花前一日的午后，已具备发芽能力，但到开药时发芽力才达最高。花粉的寿命在自然状态下于开药后4～5小时即迅速失去其活力，温度高时寿命短。黄瓜开花和开药与温度有密切关系，在一定范围内温度愈高愈能促进。一般在15℃开始开花，17℃左右开始开药，二者的适温为18～21℃，12.8℃以下开花开药停止。花粉萌发的温度界限在10～35℃之间，最适温为17～25℃。黄瓜在受粉后4～5小时花粉管即可达2～3mm。
五、果。黄瓜果为假浆果，表皮部分为花托的外皮，有棱、瘤、刺，皮层由花托皮层和子房壁组成，花托部分较薄。黄瓜果实的细胞分裂在开花前后，开花后主要是细胞的肥大。黄瓜果实细胞分裂的停止期因部位而不同，内部的细胞常早于外侧的细胞，但是内部细胞肥大的速度比外部细胞快。黄瓜有单性结果的特性，单性结果的强弱因品种而不同，同时也决定于子房中生长素含量的多少。因此可以考虑在植株生育不良或养分争夺现象严重时，可用生长素加以处理。
黄瓜的完全花由于受精不完全，所结果实常为圆形或不规则的长圆形，但一果内也能形成近30粒比较饱满的种子。
黄瓜苦味的发生是由于瓜内含有一种苦味物质，叫做苦瓜素，一般存在部位以近果梗的肩部为多，先端较少。此种苦味有品种遗传特性，所以苦味的有无和轻重常因品种而不同。同时生态条件、植株的营养状况、生活力的强弱等均足以影响苦味的发生，所以虽同属一株，其根瓜发苦，而以后所结的瓜则不苦。如果某品种或植株原来苦瓜素的含量比较多而在定植前后水分控制又过狠，液胞中果汁浓度大，相对的苦瓜素含量就更高，因而吃时显得发苦；此后大量浇水，生育迅速，于是苦味大大变淡，就不感觉苦了。此外氮素多、温度过高过低、日照不足、肥料缺乏、营养不良以及植株衰弱多病等生育不正常时，苦瓜素都易于形成和累积，因此从栽培上设法使黄瓜的营养生长和生殖生长、地上部和地下部的生长平衡，是防止苦味发生的根本措施。
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